Muhammad Yusuf lahir di Gowa Sulawesi Selatan pada 13 Juli 1627. Ayahnya bernama Abdullah, sementara ibunya adalah seorang wanita keluarga Kerajaan Gowa Sultan Ala’uddin yang bernama Aminah. Nama Muhammad Yusuf diberikan oleh Sultan Ala’uddin sendiri.
Kesultanan Gowa adalah salah satu kerajaan Islam yang terdapat di daerah Sulawesi Selatan. Rakyat dari kerajaan ini berasal dari Suku Makassar yang berdiam di ujung selatan dan pesisir barat Sulawesi. Kerajaan ini terletak di wilayah yang sekarang dikenal sebagai Kabupaten Gowa dan beberapa kabupaten di sekitarnya termasuk Kotamadya Makassar.
Muhammad Yusuf dididik menurut tradisi Islam, diajari bahasa Arab, fikih, tauhid dan ilmu-ilmu